Фонд редких книг Научной библиотеки ВКУ был основан в 1968 году. В настоящее время он насчитывает около 13000 единиц хранения, является одним из крупнейших древнехранилищ Казахстана. Фонд пополняется за счет частных пожертвований.
В фонде, помимо редких книг, хранятся мемориальные коллекции, журналы, газеты, атласы и изобразительные материалы.
В составе фонда 2 рукописи - памятники XIX века на русском языке.
В собрании русских книг и периодики XVIII века представлены издания эпохи Екатерины II, прижизненные издания Сумарокова, издания типографии Новикова, книги на иностранных языках, вышедшие в России.
Несколько тысяч томов насчитывает собрание русских изданий и периодики XIX века. В их числе книги и периодика, изданные до 1825 года, книги с автографами, маргиналиями, экслибрисами. Особый интерес представляют раритетные издания журналов "Мир божий" с 1896 по 1905 гг.; "Отечественные записки" с 1853 по 1861 гг.; уникальная "Чертежная книга Сибири, составленная тобольским сыном боярским Семеном Ремезовым в 1790 году"; 25 таблиц "Первой всеобщей переписи населения Семипалатинской области" 1905 год; прижизненное издание Гёте "Фауст", а так же иллюстрированные издания (художники Ю. П. Анненков, А. Н. Бенуа, Е. Е. Лансере, М. В. Добужинский) и многое другое.
Среди изданий начала XX века "Записки", "Известия" Русского Императорского Географического Общества, а также издания Переселенческого Управления.
Сотрудники фонда редких книг ведут постоянную каталогизационную и научно-исследовательскую работу. Приоритетными направлениями являются описание книг, изданных до 1825 года, а также издания краеведческого характера; ведется работа по созданию электронного каталога и компакт-дисков на наиболее ценную часть фонда. Публикуются материалы в средствах массовой информации.
Сотрудники фонда редких книг готовы оказать помощь частным лицам и учреждениям в справочно-библиографической работе, а так же в выставочной деятельности.